토마토가 과일이냐 채소냐 하는 시비가 한때 미국에서 정부와 업자 사이에 논란이 있었다. 이에 대법원에서 토마토를 채소로서 판결을 내렸다. 어찌됐든 토마토는 과일과 채소의 두 가지 특성을 갖추고 있으며 비타민과 무기질 공급원으로 아주 우수한 식품이다.
세계적인 장수촌(長壽村)으로 알려진 안데스 산맥 기슭의 빌카밤바(Vilcabamba) 사람들이 토마토를 많이 먹은 덕분으로 장수를 누렸다고 전해 오고 있다.

토마토에 함유되어 있는 성분에는 구연산, 사과산, 호박산, 아미노산, 루틴, 단백질, 당질, 회분, 칼슘, 철, 인, 비타민 A, 비타민 B₁, 비타민 B₂, 비타민 C, 식이섬유 등이다. 비타민 C의 경우 토마토 한 개에 하루 섭취 권장량의 절반가량이 들어 있다.
토마토에는 라이코펜, 베타카로틴 등 항(抗)산화 물질이 많다. 토마토의 빨간색은 '카로티노이드'라는 물질 때문인데 특히 '라이코펜(lycopene)'이 주성분이다. 빨간 토마토에는 라이코펜이 7∼12㎎% 들어 있다.

토마토는 파란 것보다 빨간 것이 건강에 더 유익하므로 완전히 빨갛게 익혀 먹는 것이 좋다. 빨간 토마토에는 라이코펜이 많이 들어 있으나 그냥 먹으면 체내 흡수율이 떨어지므로 열을 가해 조리해서 먹는 것이 좋다. 열을 가하면 라이코펜이 토마토 세포벽 밖으로 빠져나와 우리 몸에 잘 흡수된다. 예를 들면, 토마토 소스에 들어 있는 라이코펜의 흡수율은 생토마토의 5배에 달한다.

토마토의 껍질을 벗기려면 끓는 물에 잠깐 담갔다가 건져서 찬물에서 벗기면 손쉽게 벗길 수 있다. 잘 익은 토마토를 껍질을 벗기고 으깨면서 체에 받쳐 졸인 것을 '토마토 퓨레'라고 한다. 토마토 퓨레에 소금과 향신료를 조미한 것이 '토마토 소스'이며 소스를 보다 강하게 조미하고 단맛을 낸 것이 '토마토 케첩'이다.

토마토는 다이어트에도 제격이다. 토마토 1개(200g)의 열량은 35㎉에 불과하며 수분과 식이섬유가 많아 포만감을 준다. 이에 식사 전에 토마토를 한 개 먹으면 식사량을 줄일 수 있으며, 소화도 돕고 신진대사를 촉진하는 효과도 있다.
토마토는 끓이거나 으깨면 체내에서 영양 성분이 더 잘 흡수되므로 다양한 요리법을 응용할 수 있다. 토마토 수프, 토마토 샐러드, 토마토 피자, 토마토 베이글 샌드위치, 해물 토마토찜 등은 맛도 좋고 몸에도 좋은 토마토 요리이다. 또한 토마토를 올리브유, 우유 등과 함께 먹으면 영양소의 체내 흡수력을 높여 주므로 더욱 좋다.

라이코펜은 강력한 항산화제로 혈전 형성을 막아주므로 뇌졸중, 심근경색 등을 예방하는 효과가 있다. 또한 노화 방지, 항암, 혈당 저하 등의 효과가 있다. 토마토에 들어 있는 '루틴'은 혈관을 튼튼하게 하고 혈압을 내리는 역할을 하므로 고혈압 환자에게 좋은 식품이다.

유럽 남성 1,300여 명을 대상으로 실시한 조사에서 가장 라이코펜을 많이 섭취하는 집단은 가장 덜 먹는 집단에 비해 심장마비 발생 위험이 절반으로 줄어들었다. 미국 하버드대학교 연구팀이 40세 이상 미국인 4만 8,000여 명을 5년간 조사한 연구결과에 따르면 토마토 요리를 주 10회 이상 먹은 집단은 주 2회 이하 먹은 집단에 비해 전립선암에 걸릴 위험이 45%나 낮았다.
방울토마토를 작은 용기에 넣어 다니면서 먹으면 체중 조절이 가능하다. 회식 전후에도 토마토를 먹으면 좋다. 즉 회식 전에 먹으면 과식을 막고, 회식 후에 먹으면 숙취 해소에 한몫을 한다. 이탈리아인들은 숙취 해소용으로 토마토를 듬뿍 올린 피자를 먹고, 서구에서는 토마토 주스에 보드카를 섞은 '블러디 메리'를 해장술로 마신다.
음식을 짜게 먹는 사람은 소금의 나트륨 성분으로 인하여 고혈압이 생길 수 있으나 칼륨 성분을 많이 함유한 토마토를 먹으면 칼륨이 나트륨을 체외로 배출하는 역할을 하기 때문에 그 피해를 줄일 수 있다. 토마토는 미용에 좋아 여성들에게 사랑받지만, 라이코펜 성분이 전립선 기능에 도움을 주므로 남성들에게도 좋다.

토마토(100g당 22㎉)는 열량이 낮아 비만, 당뇨병 환자에게 적합하다. 기름진 음식을 먹을 때 토마토를 곁들이면 소화를 촉진하고 위의 부담을 가볍게 하며 산성 식품을 중화시키는 역할을 한다. 또 펙틴(식이섬유)이 풍부해 변비 예방에도 도움이 된다. 한편 환자들 음료로 토마토 주스가 좋은 것은 유기산이 적어 자극성이 적으며 영양가가 우수하고 소화가 잘 되기 때문이다.